تتبعتْ أجزاء الموسوعة وأبوابها مراحل تأسيس جامعة ديالى وواقعها العمراني، والإداري والعلمي من خلال تناول تاريخ كلياتها المختلفة للتخصصات العلمية المختلفة، وبيان النجاحات والاخفاقات التي تعرضت لها طوال مسيرتها التي بدأت بكليتين تابعتين للجامعة المستنصرية عام(1994م) ومن ثم استقلال الجامعة وصيرورة كيانها الإداري ، والوظيفي والعلمي عام (1999م) ومسيرة التطور والانجازات في الجوانب المختلفة حتى عام(2016م) ، فضلًا عن طرح الرؤية المستقبلية لتطوير الجامعة لتكون فاعلة وتأخذ دورها المرسوم لها في تنوير المجتمع وتطويره من كآفة جوانبه .
وزعت المادة العلمية للموسوعة على عدة أجزاء تخصص كل جزء بكلية أو ضم الجزء الواحد عدة كليات بحسب سعة بياناتها ونشاطاتها، وقسم كل جزء إلى عدة أبواب والأبواب إلى عدة فصول، فضلًا عن لمحة تاريخية عن محافظة ديالى تضمنت: الموقع الجغرافي والمناخ ، والتقسيم الاداري والحركة العلمية، والأهمية التاريخية لمحافظة ديالى، والحركة الثقافية والفنية المعاصرة في محافظة ديالى.
اعتمدت الموسوعة على عدد من المصادر المهمة في مقدمتها الأوامر الإدارية والنشرات والمطبوعات التي تصدرها بشكل مطبوع أو الكتروني رئاسة الجامعة، والكليات والأقسام، والشعب والوحدات التابعة للجامعة والكليات مثل دليل الجامعة لعام (2009م) ودليلها لعام(2016م) ودليل الكليات، والخطط العلمية والتربوية، والدراسات العليا، والاداء الجامعي وموسوعة تدريسيي جامعة ديالى..، فضلًا عن السير الذاتية والعلمية للكادر المتقدم من التدريسيين والعمداء فضلًا عن مواقع الجامعة وكلياتها الالكترونية على الشبكة الدولية للمعلومات (الإنترنت).
